Caixa de ferramentas · CRISPR

CRISPR-Cas9

A ferramenta de edição genética que nasceu do sistema de defesa das bactérias.

O CRISPR-Cas9 é uma ferramenta de edição genética baseada em um sistema de defesa natural que as bactérias usam contra vírus, os bacteriófagos. Quando sobrevive a uma infecção, a bactéria guarda um pedaço do DNA do vírus no próprio genoma, entre sequências repetidas — as “repetições palindrômicas curtas, agrupadas e regularmente espaçadas” que dão nome ao CRISPR (sigla em inglês). Se o mesmo vírus voltar, a bactéria produz um RNA a partir dessa memória, e esse RNA guia a enzima Cas9 até o DNA do invasor, que é cortado e inativado.

Ilustração de um bacteriófago, vírus que infecta bactérias.

Os cientistas “sequestraram” esse mecanismo e o adaptaram para funcionar em praticamente qualquer célula. O resultado é uma ferramenta capaz de cortar o DNA em locais específicos, de forma programável: para mudar o alvo, basta trocar o RNA guia.

Para que serve?

Corrigir ou criar mutações

Desfazer uma alteração que causa doença ou introduzir uma mutação para estudar seu efeito.

Estudar a função de genes

Desligar um gene e observar o que muda na célula ou no organismo.

Criar modelos de doenças

Reproduzir em células ou em organismos-modelo mutações encontradas em pacientes.

Desenvolver terapias

Editar células de pacientes para tratar doenças genéticas.

Como funciona?

Um RNA guia, desenhado em laboratório, conduz a enzima Cas9 até um trecho específico do DNA. Ali, a Cas9 faz um corte nas duas fitas da dupla hélice. A célula percebe o dano e tenta repará-lo — e é durante esse reparo que os cientistas conseguem inserir, remover ou alterar trechos do DNA.

As duas peças centrais

Cas9

A tesoura. É uma endonuclease, uma enzima que corta o DNA no meio da molécula. Ela faz um corte nas duas fitas — mas, sozinha, não sabe onde cortar: precisa do RNA guia.

RNA guia

O endereço. É um RNA sintético (sgRNA, do inglês single guide RNA) com cerca de 20 letras complementares ao DNA-alvo. Ele se encaixa na Cas9 e a “leva” até o lugar certo.

Nas bactérias, a função do RNA guia é dividida entre duas moléculas, o crRNA e o tracrRNA. Em 2012, Emmanuelle Charpentier, Jennifer Doudna e colegas mostraram que as duas podiam ser unidas em uma só, o que tornou o sistema muito mais fácil de usar.

Esquema do complexo CRISPR-Cas9: a Cas9 envolve o DNA; o RNA guia (sgRNA) pareia com a sequência-alvo, ao lado da PAM; tesouras marcam os pontos de corte nas duas fitas.
O complexo CRISPR-Cas9 ligado ao DNA. O RNA guia (sgRNA, em roxo, com a parte tracrRNA, em laranja) pareia com a sequência-alvo, logo ao lado da PAM.

Passo a passo

1. Inserção na célula

Primeiro, é preciso levar as peças do CRISPR para dentro da célula. Elas podem entrar na forma de DNA (com as instruções para a célula fabricar a Cas9 e o RNA guia), de RNA ou já montadas, como um complexo pronto de proteína e RNA. Para atravessar a membrana, usam-se métodos químicos, físicos ou virais:

Métodos para levar o CRISPR para dentro da célula: lipofecção, transdução, microinjeção e eletroporação.
  • Lipofecção (químico) — o material é envolvido em pequenas bolhas de lipídios, que se fundem à membrana da célula.
  • Eletroporação (físico) — pulsos elétricos abrem poros temporários na membrana.
  • Microinjeção (físico) — uma agulha finíssima injeta o material diretamente na célula.
  • Transdução (viral) — um vírus modificado, incapaz de causar doença, entrega o material genético.

2. Reconhecimento do DNA-alvo

Dentro do núcleo, o complexo Cas9 + RNA guia percorre o DNA à procura de uma sequência curta chamada PAM (do inglês protospacer adjacent motif). Para a Cas9 mais usada, que vem da bactéria Streptococcus pyogenes, a PAM é NGG: qualquer letra (N) seguida de duas guaninas. Sem uma PAM ao lado, a Cas9 não corta. Nas bactérias, é isso que impede a enzima de cortar o próprio genoma, onde as memórias dos vírus ficam guardadas sem PAM.

3. Pareamento por complementaridade

Ao encontrar uma PAM, a Cas9 abre a dupla hélice logo ao lado. Se as letras do RNA guia forem complementares às do DNA naquele ponto — seguindo as regras de pareamento das bases, A com T e C com G —, o RNA guia se encaixa em uma das fitas.

4. Corte do DNA

Com o RNA guia pareado, a Cas9 corta. Ela tem dois domínios catalíticos, como as duas lâminas de uma tesoura: um deles (HNH) corta a fita que está pareada com o RNA guia, e o outro (RuvC) corta a fita oposta. O resultado é uma quebra nas duas fitas, a cerca de três letras da PAM.

A Cas9 corta, a célula edita

A Cas9 é só a tesoura. Quem edita de fato é a própria célula, ao consertar o corte. Para isso, ela tem dois caminhos principais:

Junção de extremidades não homólogas

Junção não homóloga: as duas pontas do DNA cortado são unidas, com algumas letras a mais ou a menos no ponto de junção.

A célula simplesmente cola as duas pontas. É rápido, mas impreciso: muitas vezes algumas letras são perdidas ou acrescentadas no ponto do corte (inserções e deleções). Se isso acontece no meio de um gene, a receita fica ilegível e o gene deixa de funcionar — é o chamado knockout, ou nocaute.

Recombinação homóloga

Recombinação homóloga: um molde de DNA é usado para consertar o corte, inserindo a sequência desejada.

Se os cientistas fornecem, junto com o CRISPR, um molde de DNA parecido com a região do corte e contendo a alteração desejada, a célula pode usá-lo para fazer o conserto, em um “copiar e colar”. É mais preciso e serve para corrigir mutações, inserir genes ou fazer edições pontuais. Por outro lado, acontece com menos frequência e funciona melhor em células que estão se dividindo.

Por que o CRISPR é tão revolucionário?

Já era possível editar genes antes, mas as técnicas anteriores eram caras, demoradas e pouco precisas: para cada novo alvo, era preciso fabricar uma proteína diferente. Com o CRISPR, a proteína é sempre a mesma — muda só o RNA guia, que é barato e rápido de produzir. Isso tornou a edição genética acessível a laboratórios do mundo todo e aplicável a praticamente qualquer organismo, de bactérias a plantas, animais e células humanas.

As aplicações vão da pesquisa básica ao tratamento de doenças genéticas, passando por culturas agrícolas mais resistentes e pela biotecnologia. Em 2020, Emmanuelle Charpentier e Jennifer Doudna receberam o Prêmio Nobel de Química pelo desenvolvimento do método. Em 2023, foi aprovado nos Estados Unidos e no Reino Unido o primeiro tratamento baseado em CRISPR-Cas9, para a doença falciforme.

Ilustrações criadas com BioRender.com.

Fontes

Jinek M. et al. A programmable dual-RNA–guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science 337, 816–821 (2012). doi: 10.1126/science.1225829

Doudna J. A., Charpentier E. The new frontier of genome engineering with CRISPR-Cas9. Science 346, 1258096 (2014). doi: 10.1126/science.1258096

The Royal Swedish Academy of Sciences. The Nobel Prize in Chemistry 2020 — press release. nobelprize.org/prizes/chemistry/2020/press-release

U.S. Food and Drug Administration. FDA Approves First Gene Therapies to Treat Patients with Sickle Cell Disease (8 dez. 2023). fda.gov

Alberts, B., Heald, R., Johnson, A., Morgan, D., Raff, M., Roberts, K., & Walter, P. (2022). Molecular biology of the cell (7th ed.). W. W. Norton & Company.

Essa técnica na pesquisa